突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…

故事四位主角健慕勒、森口和人、麻生華奈及桑未來是一群據有AI超能力的少年戰鬥員，他們所駕駛的Run=Dim 機器人在正邪兩方衝徒的關鍵時刻，肩負起捍衛地球的神聖使命。然而在整個訓練與戰鬥的過程中，歷經了種種的考驗與挫折，也突破了彼…