宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出家僧人，在少林寺中遇到一…

清雍正年间，少林寺接连出现离奇命案，数名弟子神秘死亡，少林三十六代和三十七代掌门也相继被害，康熙御赐的墨玉香炉被盗，所有疑点都指向俗家弟子雷鹏飞（黄家达）。雍正帝（江南）欲借题发挥，命玉格格（龙君儿）前往少林逼少林交出盗…