故事发生在与伯利亚银河帝国的战斗结束一年后，塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转，并结识了新的伙伴詹奈，他们一起踏上了新的战斗旅程。

有一天SSP成员收到了寄来的神秘道具。那是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。落入敌人的陷阱而解除与Xio队员大空大地一体化的艾克斯奥特曼，SSP，流浪之旅行归来的凯，还有行踪不明的大地！地球新危机的前兆降临！寻找宇宙中拥有邪恶之心…

在知名银行工作的派遣社员映子最近一直因为被跟踪的事情而感到烦恼，侦探经过调查发现跟踪她的是同一家银行的职员寺西，打算警告寺西不要再跟踪映子，可在此之前，寺西在公园被杀，从现场逃走的正是映子。

赛文奥特曼原本是M78星云340号恒星观测员，为制作轨道图而来到了地球，留在地球上进行着与大怪兽和宇宙侵略者的战斗。 在所有奥特曼作品中，赛文·奥特曼制作水平具有一定的代表性。尤其是特技制作和故事内容等各方面都比以往有极大创新…