故事開始前的十年前，在天才科學家基奧羅古（ゲオルク·ララーシュタイン）處，學習機器人工學的嵐田陽一郎，知道了基奧羅古征服世界的野心，於是自己炸毀了完成的馬赫男爵後離去，後與妻子一起被殺害。陽一郎在死前把馬赫男爵的設計圖交…

由于大彗星接近地球，导致地壳产生剧烈变动，使得残存于地底下的恐龙族群再度出现于地表之上。但是不稳定的气候突变与充满野心的盗猎者，却让这些重见天日的恐龙们再度面临灭绝的处境；为了保护这些野生的恐龙，“国际自然保护联盟”特地…